游戏的玩法和内容在当时来说比较新颖，不同于以往的回合制策略游戏，《三国志群英传2》是以月来计算时间。每月1日就会进入内政经营模式，玩家可以选择下达搜集或者开发的政令，搜集可以发现马匹、武器、兵符以及一些特殊条件下才会找到的武将，不过当时玩家们基本都是选择自治施行，毕竟我玩游戏是进来打仗的，给我建设城市有啥意思。
内政结束后玩家就会进入战斗模式，这也是《三国群英传2》的重头戏，进入大地图后玩家可以选择自己控制的城市，开始调兵遣将，选择临近的势力开战。在获胜后还会清点俘虏，以及缴获的战利品，玩家可以根据自己的喜好选择招降、斩首、或者释放，如果自己战败则会直接逃跑，不过能回来的也就主要武将，小兵会全部消失。
游戏中的每位武将都有自己的独立数值，武力、智力等属性的高低是每位武将武力值的直接体现，智力会影响武将集气速度、蓝量，进而影响一场战斗武将可以释放技能的次数。有些武将由于能力过于优秀也被玩家归于鬼神之流，比如关二爷、吕布、赵云等等比较出名的武将、其面对其他的武将时会具有压倒性优势。
但数据有时并不会左右战局，玩过的玩家都知道，《三国群英传2》可以开秘籍，就算在拉胯的武将，在金手指的加持下，也能人挡杀人、佛挡杀佛，玩家轻轻打出R110的那一刻，这场战斗的结局就已经注定了。但是在游戏过程中，玩家们也会发现，在对阵一些武将时，任凭你从R001按到R110，却始终屹立不倒，俗称无敌，这可能也是设计师特意设置的一些障碍，防止玩家在游戏过程中过于依赖秘籍，导致游戏索然无味。
